Le site bénéficie d'une grande diversité d'habitats et d'espèces en raison de ses conditions écologiques variées. Lors des inventaires réalisés dans le cadre de la révision du DOCOB, 18 habitats naturels et 11 espèces animales d'intérêt communautaire ont été recensées.
Les Habitats d'Intérêt Communautaire
Le site Natura 2000 prend en compte non seulement la rivière et ses principaux affluents, mais également les coteaux qui la borde. Il propose donc une grande diversité d'habitats naturels, parmi lesquels des milieux aquatiques et humides autour de l'Epte et ses affluents, mais également des milieux boisés et des prairies. Ce sont ainsi 18 habitats d'intérêt communautaire au niveau européen dont 7 classés prioritaires (*) qui ont été recensés par le Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP) dans le cadre de la révision du DOCOB :
- 3110 - Eaux oligotrophes très peu minéralisées des plaines sablonneuses
- 3140 - Eaux oligomésotrophes calcaires avec végétation benthique à Chara spp.
- 3150 - Lacs eutrophes naturels
- 3260 - Rivières avec végétation du Ranunculion fluitantis et du Callitricho-Batrachion
- 3270 - Rivières avec berges vaseuses avec végétation du Chenopodion rubri p.p. et du Bidention p.p.
- 5130 - Formations à Genévrier sur landes ou pelouses calcaires
- 6110* - Pelouses rupicoles calcaires ou basiphiles de l'Alysso-Sedion albi
- 6120* - Pelouses calcaires de sables xériques
- 6210* - Pelouses sèches semi-naturelles et faciès d'embuissonnement sur calcaire [*sites d'orchidées remarquables]
- 6430 - Mégaphorbiaies hygrophiles
- 6510 - Prairies maigres de fauche de basse altitude
- 7220* - Sources pétrifiantes avec formation de travertins
- 7230 - Tourbières basses alcalines
- 8160* - Eboulis médio-européens calcaires
- 9130 - Hêtraies de l'Asperulo-Fagetum
- 9180* - Forêts de pentes, éboulis ou ravins du Tilio-Acerion
- 91E0* - Forêts alluviales à Aulnes et Frênes
- 91F0 - Forêts mixtes à Chênes, Ormes et Frênes riveraines des grands fleuves
Les Espèces d'Intérêt Communautaire
Le site Natura 2000 "Vallée de l'Epte francilienne et ses affluents" abrite un certain nombre d'espèces d'intérêt communautaire grâce aux milieux variés qu'elle propose, et notamment 11 inscrites sur l'annexe II de la Directive Habitats et justifiant la désignation du site.
- 1044 - Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale)
- 1078 - Ecaille chinée (Euplagia quadripunctaria)
- 1092 - Ecrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes)
- 1095 - Lamproie marine (Petromyzon marinus)
- 1096 - Lamproie de Planer (Lampetra planeri)
- 5315 - Chabot (Cottus perifretum)
- 1303 - Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros)
- 1304 - Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum)
- 1321 - Murin à oreilles échancrées (Myotis emarginatus)
- 1323 - Murin de Bechstein (Myotis bechsteinii)
- 1324 - Grand Murin (Myotis myotis)
