Localisé à l'extrême Nord-Ouest de l'Ile-de-France, le site Natura 2000 "Vallée de l'Epte francilienne et ses affluents" borde la rivière de l'Epte du côté francilien. Marquant la frontière entre la Normandie et la région francilienne, l'Epte et ses affluents ont, au fil du temps, modelé le paysage. Des coteaux à pentes relativement fortes ont ainsi pu être dessinés, contrastant avec un fond de vallée à pente plus douce à la composition plus humide.
Cette configuration particulière a permis à la vallée de développer une diversité et une richesse remarquables des milieux naturels. La vallée de l'Epte comprend en effet un ensemble de milieux secs présents sur les rebords des plateaux calcaires, ainsi que des zones humides et des boisements alternant avec des prairies humides pâturées établies en fond de vallée.
Par ailleurs, le site ne couvrant que la partie francilienne de l'Epte, un second site Natura 2000 a été désigné en Normandie afin de garantir la protection des deux rives de la rivière; il s'agit du site Natura 2000 "Vallée de l'Epte", animé par Seine Normandie Agglomération. Les deux structures animatrices sont en contact régulier afin d'assurer une continuité dans la gestion de la vallée dans son ensemble.
Le site Natura 2000 "Vallée de l'Epte francilienne et ses affluents" a été désigné en 2006, puis le document d'objectif a été approuvé par le Prefet du Val d'Oise le 16 août 2010. Une extension du périmètre du site, validée le 14 décembre 2018, porte maintenant sa superficie à 3715 hectares. Le DOCOB révisé en conséquence a été approuvé à l'été 2024, après plus de huit ans d'un travail de concertation et d'analyse des enjeux écologiques et socio-économiques.
La première présidente de COPIL était Nathalie GUERIN, membre du comité syndical du Parc Naturel Régionale du Vexin et maire de Saint-Clair-Sur-Epte. Alain HUBER, maire d'Amenucourt, lui a succédé. Depuis 2013, c'est Denys DE MAGNITOT, maire d'Omerville, qui assure la présidence du COPIL.
