Le site Natura 2000 "Coteaux et Boucles de la Seine" a été désigné en raison de sa grande richesse écologique ; ce sont ainsi 21 habitats et 8 espèces d'intérêt communautaire qui ont justifié sa désignation.
Les Habitats d'Intérêt Communautaire
En raison de la grande diversité de conditions écologiques présentes sur l'ensemble des entités qu'il rassemble, le site Natura 2000 "Coteaux et Boucles de la Seine" accueille un grand nombre d'habitats naturels d'intérêt communautaire, dont certains considérés prioritaires (*) au niveau européen en raison de leur statut de conservation préoccupant. Au total, 21 habitats d'intérêt communautaires ont été recensés lors des inventaires réalisés par le Conservatoire Botanique National du Bassin Parisien (CBNBP) ; les liens renvoient aux fiches correspondantes à chaque habitat sur le site de l'Inventaire National du Patrimoine Naturel (INPN).
- 2330 - Dunes intérieures avec pelouses ouvertes (entité C)
- 3140 - Eaux oligomésotrophes calcaires avec végétation benthique (entités D et F)
- 4030 - Landes sèches européennes (entités C, E et F)
- 5110 - Formations stables xéro-thermophiles des pentes rocheuses (entité A)
- 5130 - Formations à Genévriers sur landes ou pelouses calcaires (entité F)
- 6110* - Pelouses rupicoles calcaires ou basiphiles de l'Alysso-Sedion albi (entités B et F)
- 6120* - Pelouses calcaires de sables xériques (entités C et F)
- 6210* - Pelouses sèches semi-naturelles et faciès d'embuissonnement sur calcaires [*sites d'orchidées remarquables] (toutes les entités ; deuxième habitat le plus répandu sur le site avec plus de 200 ha)
- 6230* - Formations herbeuses à Nardus, riches en espèces, sur substrats siliceux (entités C et E)
- 6410 - Prairies à Molinia sur sols calcaires, tourbeux ou argilo-limoneux (entités E et F)
- 6430 - Mégaphorbiaies hydrophiles (entités D, E et F)
- 6510 - Pelouses maigres de fauche de basse altitude (entités B, C, E et F)
- 7220* - Sources pétrifiantes avec formation de travertins (entités B et F)
- 7230 - Tourbières basses alcalines (entité F)
- 8160* - Eboulis médio-européens calcaires (entité B)
- 8210 - Pentes rocheuses calcaires avec végétation chasmophytique (entités A et B)
- 8310 - Grottes non exploitées par le tourisme (4 grottes dans l'entité B)
- 9120 - Hêtraies atlantiques acidophiles (entité E)
- 9130 - Hêtraies de l'Asperulo-Fagetum (dans toutes entités à part la C, habitat le plus répandu sur le site avec plus de 600 hectares)
- 9180* - Forêts de pentes, éboulis ou ravins du Tilio-Acerion (entité A)
- 91E0* - Forêts alluviales à Aulnes et Frênes (entités E et F)
Espèces d'Intérêt Communautaire
De par ses milieux naturels variés, le site abrite un certain nombre d'espèces d'intérêt communautaire, et notamment 8 inscrites sur l'annexe II et ayant justifié la désignation du site.
- 1074 - Laineuse du Prunellier (Eriogaster catax)
- 1078 - Écaille chinée (Euplagia quadripunctaria)
- 1083 - Lucane cerf-volant (Lucanus cervus)
- 1088 - Grand Capricorne (Cerambyx cerdo)
- 1303 - Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros)
- 1304 - Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum)
- 1323 - Murin de Bechstein (Myotis bechsteini)
- 1324 - Grand murin (Myotis myotis)