La vallée de l'Epte étant un territoire principalement rural, dominé par les prairies, les champs et les bois, les activités principales sont l'élevage, l'agriculture et la populiculture. Généralement, les prairies pâturées alternent avec peupleraies en fond de vallée, tandis que les cultures sont situées dans les zones plus sèches lorsque la pente n'est pas trop élevée.
Quelques industries et entreprises sont établies sur le site, la plus importante étant Gaz de France, qui possède un site de stockage sur la commune de Saint-Clair-sur-Epte.
Les activités de loisirs sont également bien représentées sur le site, et notamment la chasse, la pêche, le canoë et la randonnée.
Le premier Document d'Objectifs, ou DOCOB du site Natura 2000 "Vallée de l'Epte francilienne et ses affluents" a été validé en 2010, dans le prolongement de la désignation du site. A la suite de la découverte d'une nouvelle espèce d'intérêt communautaire (la lamproie marine) et de l'extension du site, une révision était nécessaire ; lancé en 2021, ce nouveau DOCOB devrait être validé pour la fin de l'année 2023.
Conçu selon la nouvelle méthodologie de rédaction des plans de gestion des espaces naturels, il comprendra des objectifs de développement durable clairs, ainsi que des indicateurs de suivi précis afin de suivre l'efficacité de la mise en œuvre des actions prescrites dans le cadre du DOCOB.
Le DOCOB étant en cours de révision, les objectifs de conservation n'ont pas encore été redéfinis. Des groupes d'acteurs locaux, constitués d'acteurs du territoire (agriculteurs, forestiers, services de l'Etat, collectivités territoriales, etc.) ont ainsi été constitués pour discuter des menaces pesant sur le site, et proposer des mesures de gestion à mettre en oeuvre pour préserver les habitats naturels et les espèces, mais aussi les activités humaines. Ces mesures serviront ensuite de base pour la définition des contrats Natura 2000 mobilisables sur le site.